H. J. Heikelin aineistosta pääosa on tieteellistä tutkimusaineistoa hänen Keski-Aasian matkaansa tai suomalaisiin muinaislöytöihin liittyen. Mukana on käsikirjoituksia, muistiinpanoja, luetteloita ja piirroksia. Aineiston joukossa on myös valokuvia. Suurin osa asiakirjoista on todennäköisesti 1890-1910-luvuilta. Tutkimusaineistojen joukossa on myös viranomaistoimintaan liittyvää aineistoa.
H. J. Heikelin alkuperäispiirustuksia on Muinaistieteellisen toimikunnan Hge-sarjan yksikössä Hge:67.
