1900-luvun alun maakunta-aatteen myötä syntyi ajatus omasta maakuntamuseosta Keski-Suomeen. Vuonna 1931 perustettiinkin Keski-Suomen Museoyhdistys ry toteuttamaan hanketta, sekä aloittamaan kokoelmien keruuta ja luettelointia. Keski-Suomen museo avautui 5.6.1932 Cygnaeuksenkatu 10:ssa, kauppaneuvos Hanna Parviaisen museon käyttöön antamassa rakennuksessa. Alvar Aallon suunnittelema museorakennus valmistui Ruusupuistoon 1960 ja museo avattiin seuraavana vuonna. Keski-Suomen museo siirtyi vuonna 1981 Keski-Suomen museoyhdistyksen hallinnasta Jyväskylän kaupungin museolautakunnan alaisuuteen. Vuonna 1989 toiminta siirtyi kulttuurilautakunnan alaisuuteen.