Ella Kivikosken aineisto sisältää pääosin kirjeenvaihtoa, muistiinpanoja ja muuta tieteelliseen toimintaan liittyvää aineistoa. Mukana on sekä yksityistä että työhön liittyvää kirjeenvaihtoa 1934-1986. Muistiinpanoaineistosta suurimman osan muodostavat muinaislöytöjen luettelot, jotka sisältävät sekä muistiinpanoja että luonnoksia esinelöydöistä. Näiden lisäksi aineistossa on tieteellisiä kirjoitelmia, reseptejä, todistus Kivikosken hyväksymisestä Suomen Muinaismuistoyhdistyksen jäseneksi 1930, painotuotteita ja tieteelliseen toimintaan liittyviä asiakirjoja, jotka liittyvät sekä kaivauksiin että tieteellisiin julkaisuihin.
Museoviraston Kuvakokoelmat vastaavat valokuvien hallinnoinnista, myös arkistoaineistoihin liittyvät valokuvat ovat pääosin Kuvakokoelmilla. Arkistoaineistojen joukossa voi kuitenkin joissain tapauksissa olla kuvavedoksia, esim. arkeologiaan liittyvissä aineistoissa on usein kuvatauluja (= taustapahville kiinnitettyjä vedoksia, joiden yhteydessä on kuvatekstejä). Kaikki alkuperäiset kuva-aineistot, kuten negatiivit ja diat ovat kuitenkin aina Kuvakokoelmilla, samoin valtaosa vedoksista. Henkilöittäin arkistoiduissa aineistoissa valokuvista saattaa olla tarkempia mainintoja erityisesti F-sarjassa (Valokuvat). Ella Kivikosken aineistoa on myös Personaliat - kokonaisuudessa. Museoviraston arkiston Ibd-sarjassa, yksikössä Ibd:3, on ainakin yksi Kivikosken alkuperäispiirustus.
