Hjalmar Appelgren-Kivalon arkisto sisältää sekä arkeologin työhön että yksityiselämään liittyvää aineistoa 1674-1955. Pääosa aineistosta on kuitenkin Appelgren-Kivalon elinajalta, 1800-luvun jälkipuoliskolta ja 1900-luvun ensimmäisiltä vuosikymmeniltä. Arkistoon kuuluu henkilöä itseään koskevia asiakirjoja kuten todistuksia, ansioluetteloita ja elämäkerrallista tietoa sisältäviä lehtileikkeitä. Appelgren-Kivalon omaa kirjeenvaihtoa on hänen nuoruusvuosiltaan 1870-luvulta aina kuolinvuoteen 1937 asti. Arkistoon lukeutuu myös Appelgren-Kivalon perheenjäsenten, kuten hänen tyttärensä Lindan ja sisarensa Amalian, kirjeenvaihtoa. Arkisto sisältää Appelgren-Kivalon kirjoitelmia, konsepteja ja muistiinpanoja, joista suurin osa on tieteellisiä kirjoitelmia, mutta osa on myös aiheeltaan yhteiskunnallisia tai poliittisia, tai sitten henkilökohtaiseen elämään liittyviä muistelmakirjoituksia. Appelgren-Kivalo suosi työmatkoillaan piirtämistä kameran sijaan ja hänen arkistonsa sisältääkin runsaasti piirustuksia, joista suurin osa on hänen työhönsä liittyviä. Mukana on myös valokuvia. Osa aineistosta on järjestetty sisällön mukaan. Tällaisia kokonaisuuksia ovat esimerkiksi Appelgrenin suvun aineisto, joka sisältää hyvin vanhoja asiakirjoja jo 1700-luvun lopulta asti, sukututkimusaineisto sekä Appelgren-Kivalon opiskeluajan asiakirjat tai hänen poliittiseen ja yhteiskunnalliseen toimintaansa liittyvät asiakirjat. Lisäksi arkistossa on mukana painotuotteita, joista suurin osa on aiheeltaan poliittisia, mutta joukossa on myös matkaoppaita ja karttoja.
Museoviraston Kuvakokoelmat vastaavat valokuvien hallinnoinnista, myös arkistoaineistoihin liittyvät valokuvat ovat pääosin Kuvakokoelmilla. Arkistoaineistojen joukossa voi kuitenkin joissain tapauksissa olla kuvavedoksia, esim. arkeologiaan liittyvissä aineistoissa on usein kuvatauluja (= taustapahville kiinnitettyjä vedoksia, joiden yhteydessä on kuvatekstejä). Kaikki alkuperäiset kuva-aineistot, kuten negatiivit ja diat ovat kuitenkin aina Kuvakokoelmilla, samoin valtaosa vedoksista. Henkilöittäin arkistoiduissa aineistoissa valokuvista saattaa olla tarkempia mainintoja erityisesti F-sarjassa (Valokuvat). Hjalmar Appelgren-Kivalon alkuperäistä piirustusaineistoa on myös Muinaistieteellisen toimikunnan arkistossa Hge-sarjassa yksiköissä Hge:76-77 sekä Museoviraston arkiston Ibd-sarjassa yksiköissä Ibd:1-3.
