Suurin osa Pajusen aineistosta on peräisin 1970-luvulta. Sitä vanhempaa aineistoa ovat vain vankilakirjeenvaihto, Paavo Pajusen kirjeet Espanjan sisällissodasta ja Paavon omat asiakirjat. Jenny Pajusen kirjeistön järjestämisessä on käytetty kahta eri tapaa. Mikäli oli olemassa sekä saapuneita kirjeitä joltain henkilöltä, että Pajusen vastausten toisteita, ne järjestettiin kirjeenvaihdoksi henkilöittäin. Yksittäiset kirjeet sijoitettiin saapuneiden kirjeiden tai lähetettyjen kirjeiden toisteiden sarjoihin. Omina alasarjoinaan ovat vankilakirjeenvaihto, Paavo Pajuselta saapuneet kirjeet ja kirjeenvaihto Espanjan sisällissodansuomalaisten veteraanien kanssa 1970 luvulla. Käsikirjoitussarja sisältää myös Pajusen kirjojaan ja artikkeleitaan varten keräämää aineistoa. Suurimman osan muodostaa Espanjan sisällissotaa käsittelevä aineisto, joka on omana alasarjanaan.