Kansanedustajana Ampuja toimi vuosina 1919-1941 ja 1944-1945. Ampuja erotettiin vuonna 1940 sos.dem. puolueesta ja sen eduskuntaryhmästä. Ampuja kuului niin kutsuttuihin kuutosiin (Sosialistinen eduskuntaryhmä) ja tämän vuoksi hän joutui kokemaan poliittiset vangitsemiset. Ampuja oli vankilassa vuosina 1941-44. Osallistuessaan Helsingin kaupunginvaltuuston jäsenenä Moskovan 800-vuotisjuhlatilaisuuteen vuonna 1947 Mikko Ampuja sai sappikivikohtauksen ja kuoli moskovalaisessa sairaalassa.